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Diante do tamanho e da complexidade do CBH Baía de Guanabara, o colegiado percebeu a importância de conhecer melhor sua região de abrangência, a fim de auxiliar na tomada de decisão. Para tanto, deliberou pôr em prática o macroprograma de Apoio à Pesquisa, que buscará soluções para problemas existentes, de interesse e necessidade da sociedade, relacionados aos recursos hídricos. O macroprograma possui duas vertentes principais: a primeira refere-se ao programa de Apoio à Pesquisa e a segunda ao Apoio à Extensão.
O Programa de Apoio à Pesquisa na RH-V consistirá no desenvolvimento de pesquisas em linhas temáticas definidas pelo CBH-BG como prioritárias. As pesquisas deverão ser realizadas na área de abrangência dos subcomitês. O edital de chamamento para o programa foi publicado no fim do ano de 2020 e o resultado final pode ser acessado aqui. Os estudantes serão contemplados com bolsa e auxílio financeiro para desenvolvimento dos trabalhos.
O Programa denominado Apoio a projetos de extensão buscará ampliar a atuação do campus universitário para além das salas de aula, articulando a prática do conhecimento científico do ensino e da pesquisa com as necessidades da comunidade, interagindo e transformando a realidade social.