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Como o próprio nome sugere, o Subcomitê atua no Sistema Lagunar de Maricá-Guarapina, de vertente oceânica. Trata-se de um ambiente costeiro que se limita a oeste pela linha divisória entre os municípios de Niterói e Maricá. A norte, pelos municípios de São Gonçalo, Itaboraí e Tanguá, e a leste por Saquarema, pela Serra do Mato Grosso, seguindo pelas serras de Jaconé até Ponta Negra – já no município de Maricá. O limite sul é a linha costeira que segue de Ponta Negra até a Pedra do Elefante, em Itaipuaçu. É constituído por cinco lagoas de água salobra, compreendendo, aproximadamente, 34,87 km² distribuídos pelas lagoas Brava, de Maricá, da Barra, do Padre e de Guarapina.
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